Ultimate Ninja Storm 4 possui jogabilidade semelhante aos jogos anteriores da série, em que os jogadores lutam entre si em arenas de três dimensões. O recurso “Wall Running” está de volta, marcando presença apenas em algumas batalhas do modo história, depois de estar ausente após o primeiro jogo da série Ultimate Ninja Storm. Uma mudança importante para o recurso é a capacidade de um personagem estar na parede, enquanto o outro fica na parte inferior.